Az anyatej az újszülöttek számára adható legtökéletesebb tápanyag. A természetes úton született csecsemők az anyai mikrobiomot a szülőcsatornán áthaladva kapják meg, ezzel a külvilággal való védettségük és a bélflórájuk kialakításához szükséges első “kenetet” megkapják.
Az anyai bőr és az emlők az újszülött életkorához és biológiai igényeihez legmegfelelőbb arányban kapják a tápanyagokat (víz, szénhidrát, fehérje, zsír, immunanyagok, vitaminok, nyomelemek) és az anyatej emésztéséhez szükséges mikróbák is így érkeznek. A kebel bőre kívül tartalmaz baktériumokat, és a tejmirigyek mellől is kap a csecsemő kifejezetten az anyatejhez való mikróbákat. Ezek a mikróbák egyöntetű bélflórát alakítanak ki, mely szerepe, hogy a csecsemő tápcsatornája számára felszívható tápanyaggá alakítsa az anyatej különleges oligoszacharidjait. Ezekből az oligoszacharidokból a bacik nemcsak cukrokat, és rövidláncú zsírsavakat, hanem egyéb anabolikus fehérjéket, vitaminokat is tudnak szintetizálni. Ezek a csecsemő optimális fejlődését segítik egészen addig, amíg a rágásra alkalmas fogazat ki nem fejlődik.
A gyermek emésztésének és bélflórájának zavartalan fejlődése az anyatej összetételének folyamatos változása és ezzel párhuzamosan a bélflóra diverzitásának növekedése mellett zajlik az első 6 hónapban. Ez a változás az anyatejes táplálás és a szükség szerinti hozzátáplálás – a mikrobiom egyensúlyzavaraitól mentesen – biztosítja, hogy ebben a kritikus időszakban az idegrendszer és immunrendszer fejlődése töretlen legyen. Az alultápláltság esetén idegrendszeri és immunrendszeri zavarok léphetnek fel. Az anyatejes táplálás előnyét a tápszerekhez képest az aszthma és az allergiák előfordulásának gyakoriságában is lemérhetjük.